sites-availableでの設定注意点

デフォルトのサイトを例えばsite_defaultとかで設定を作っていて、

その中でServerNameに何も指定していないVirtualHostの設定があったら、 他の設定ファイルがうまく読み込めなくなります。

そもそも一つの設定ファイルに複数のvirtualドメインの設定を書く事自体がありか、無しかわかりませんが、

新しいサブドメインの設定をanother_siteに書いていたとして

¥ a2ensite another_site

としても、
もともとのsite_defaultにServerNameなしのVirtualHost *:80 の設定があると、 site_default と another_site の 共存ができない(設定がかぶっているので）ので
apacheにアクセスが出来なくなります。

要するに

ServerNameなしのVirtualHost *:80 の設定

はサブドメイン使う場合は消しときましょう。